和之前的《孤岛惊魂》游戏不同，玩家在《孤岛惊魂5》的序章过后就能自由探索游戏的各个区域了（除了圣父的中央基地）。游戏各个区域都有主线任务，每个区域均由圣父的心腹控制。

反抗势力点数

玩家完成剧情和支线任务之后，每个区域的反抗势力点数也会上升，这表示有更多民众加入到反抗邪教的队伍中来，是你辛苦努力的表现。

在你提升各个区域反抗势力等级的时候，该区域的邪教头目也会想新的办法对付你。以雅各为例，他会为手下装备更好的武器和装甲；而约翰则会派遣精英名为“天选者”的战士和飞行员来猎杀玩家。所以我们建议玩家不停地切换区域，平稳地提升各个区域的抵抗等级。

主线任务

序章

序章部分的任务是线性的，完成之后才能开始自由探索希望郡。

亨本河

亨本河是希望郡东边的区域，由约瑟夫的妹妹费丝控制。

荷兰谷

荷兰谷是希望郡西南部的区域，由席德家族中最年轻的约翰·席德控制。

白尾山区

白尾山区是希望郡北边的区域，由“伊甸之门计划”的军事负责人雅各·席德控制。

邪教大本营

在你解放了消灭了圣父的三个副手并解放了这些地区之后，你就可以前往邪教大本营与圣父面对面地对决了。

在解放三个头目控制的区域之后，你就可以向“圣父”所在的总部进发了。

支线任务

除了完成主线任务，完成支线任务和各项活动也有助于提升各个区域的抵抗等级。